๑. กลไกสามประสาน
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ให้ความสำคัญกับกลไกการดำเนินงานด้วยแนวคิด “สามประสาน” ในรูปแบบคณะอนุกรรมการ ประกอบด้วย คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ เจ้าหน้าที่สำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ และผู้ทรงคุณวุฒิจากภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม ซึ่งคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ได้อาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๑๕ (๙) ของพระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ “แต่งตั้งคณะอนุกรรมการเพื่อปฏิบัติงานตามที่คณะกรรมการมอบหมาย”
๒. การส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ มีหน้าที่สำคัญในการตรวจสอบ และรายงานการกระทำหรือการละเลยการกระทำอันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชน เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย กฎ หรือข้อบังคับต่อรัฐสภาและคณะรัฐมนตรี รวมทั้งการส่งเสริมและการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน ทั้งนี้ คณะอนุกรรมการแต่ละชุดจะทำหน้าที่ทั้งสามด้านควบคู่กันไป เนื่องจากในการตรวจสอบข้อเท็จจริงตามที่มี ผู้ร้องเรียน หากคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติพบว่ามีการละเมิดสิทธิมนุษยชนหรือไม่เป็นไปตามกฎหมาย ก็อาจมีข้อเสนอแนะเชิงนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมายต่อหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง โดยส่งเสริมให้สังคมมีกระบวนการเรียนรู้ร่วมกัน ทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม ผ่านกรณีรูปธรรมต่างๆ เพื่อสร้างวัฒนธรรมสิทธิมนุษยชนในสังคมไทย
ตามพระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ กำหนดให้คณะกรรมการ สิทธิมนุษยชนแห่งชาติ มีกลไกช่วยเหลือการดำเนินงานในรูปแบบคณะอนุกรรมการ โดยได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการด้านหลัก ๔ ด้าน ได้แก่
๑. ด้านการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
๒. ด้านกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม
๓. ด้านสังคม
๔. ด้านฐานทรัพยากร
ในแต่ละด้านจะมีคณะอนุกรรมการ และคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจต่างๆ รวมกว่า ๓๙ คณะ ประกอบด้วย
(๑) ด้านการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(๑.๑) คณะอนุกรรมการด้านคุ้มครองสิทธิมนุษยชน ๑
(๑.๒) คณะอนุกรรมการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน ๒
(๑.๓) คณะอนุกรรมการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน ๓
(๑.๔) คณะอนุกรรมการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน ๔
(๑.๕) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจตรวจสอบเรื่องร้องเรียนก่อนปี ๒๕๔๕
(๑.๖) คณะอนุกรรมการรวบรวมข้อมูลกรณีเหตุการณ์ความรุนแรงในภาคใต้
(๑.๗) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจประสานงานกรณีธรณีพิบัติภัย (Tsunami)
(๑.๘) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อติดตามการสูญหายกรณีนายสมชาย นีละไพจิตร
(๑.๙) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อตรวจสอบเหตุการณ์ความรุนแรง ในวันที่ ๒๒ กรกฎาคม ๒๕๕๐
(๑.๑๐) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อตรวจสอบกรณีเหตุการณ์ความรุนแรง วันที่ ๗ ตุลาคม ๒๕๕๑
(๒) ด้านกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม
(๒.๑) คณะอนุกรรมการพิจารณาด้านกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม
(๒.๒) คณะอนุกรรมการพิจารณาด้านกฎหมาย กระบวนการยุติธรรม และการสูญหายของบุคคล
(๒.๓) คณะอนุกรรมการคุ้มครองสิทธิมนุษยชนในกระบวนการยุติธรรม
(๒.๔) คณะอนุกรรมการด้านสิทธิผู้ต้องขังและนักโทษ
(๒.๕) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจในการรณรงค์เพื่อต่อต้านการทรมาน
(๒.๖) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อการศึกษาแนวทางการปฏิรูปการเมืองและการจัดทำข้อเสนอในการยกร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่
(๒.๗) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจตรวจสอบเพื่อฟ้องคดี
(๓) ด้านสิทธิทางสังคม
(๓.๑) คณะอนุกรรมการประสานงานด้านสังคม
(๓.๒) คณะอนุกรรมการด้านสิทธิของกลุ่มชาติพันธุ์
(๓.๓) คณะอนุกรรมการด้านสิทธิที่อยู่อาศัย
(๓.๔) คณะอนุกรรมการสิทธิแรงงาน
(๓.๕) คณะอนุกรรมการการศึกษาและการพัฒนา
(๓.๖) คณะอนุกรรมการด้านสิทธิทางเศรษฐกิจ สังคมและวัฒนธรรม
(๓.๗) คณะอนุกรรมการต่อต้านการค้ามนุษย์
(๓.๘) คณะอนุกรรมการด้านสุขภาพอนามัย และผู้สูงอายุ ผู้พิการ
(๓.๙) คณะอนุกรรมการในการสื่อสารและเสรีภาพสื่อมวลชน
(๓.๑๐) คณะอนุกรรมการด้านเด็ก เยาวชนและครอบครัว
(๓.๑๑) คณะอนุกรรมการด้านสิทธิมนุษยชนศึกษา
(๓.๑๒) คณะอนุกรรมการด้านส่งเสริมโอกาสและความเสมอภาค
(๓.๑๓) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อกำหนดนโยบายในการพัฒนาหลักสูตรการศึกษาพร้อมกิจกรรมด้านสิทธิมนุษยชนศึกษาที่เหมาะสมสำหรับสถาบันการศึกษาของตำรวจและโรงเรียนเตรียมทหาร
(๓.๑๔) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อจัดทำสาระสำคัญด้านสิทธิมนุษยชนศึกษาและยกร่างหลักสูตรการเรียนการสอนและการฝึกอบรมด้านสิทธิมนุษยชนสำหรับสถาบันการศึกษาของตำรวจและโรงเรียนเตรียมทหาร
(๔) ด้านฐานทรัพยากรท้องถิ่น
(๔.๑) คณะอนุกรรมการประสานงานฐานทรัพยากร
(๔.๒) คณะอนุกรรมการสิทธิในทรัพยากรน้ำ ชายฝั่ง แร่ และสิ่งแวดล้อม
(๔.๓) คณะอนุกรรมการด้านพลังงานและอุตสาหกรรม
(๔.๔) คณะอนุกรรมการด้านชีวภาพและทรัพย์สินทางปัญญา
(๔.๕) คณะอนุกรรมการสิทธิในการจัดการที่ดินและป่า (3 ชุด)
(๔.๖) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อศึกษาตรวจสอบการจัดตั้งเขตการค้าเสรีไทย – สหรัฐอเมริกา
(๔.๗) คณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อศึกษาตรวจสอบกรณีการหลุดรอดและแพร่กระจายของมะละกอดัดแปลงพันธุกรรม (GMOs) ในสิ่งแวดล้อม
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติได้กำหนดให้คณะอนุกรรมการมีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
๑. ทำหน้าที่ตาม มาตรา ๑๕ (๑) (๒) (๓) (๔) (๕) แห่งพระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ ดังนี้
๑.๑ ส่งเสริมการเคารพและการปฏิบัติตามหลักสิทธิมนุษยชน
๑.๒ ตรวจสอบการกระทำที่ละเมิดสิทธิมนุษยชนและเสนอมาตรการการแก้ไข
๑.๓ เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย
๑.๔ ส่งเสริมการศึกษา วิจัยและการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน
๑.๕ ส่งเสริมความร่วมมือและการประสานงานเครือข่ายในด้านสิทธิมนุษยชน
๒. ตรวจสอบการละเมิดสิทธิมนุษยชน ตามหมวดสามแห่งพระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒
๓. ประสานงานกับคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้อง และ/หรือสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติในส่วนที่เกี่ยวข้องกับภารกิจ
๔. สรุปรายงานความก้าวหน้าในการดำเนินงานตามภารกิจข้างต้น ตลอดจนเสนอผลการดำเนินงานตามข้อ ๑.๒ ข้อ ๑.๓ และข้อ ๒ ต่อคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติเพื่อพิจารณา
๕. ดำเนินการอื่นๆ ตามที่คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมอบหมาย
๓. การประสานงานกับเครือข่ายด้านสิทธิมนุษยชน
ในการปฏิบัติงานของคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติและคณะอนุกรรมการต่างๆ รวมทั้งสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ เน้นการทำงานร่วมกับเครือข่ายทุกระดับทั่วประเทศ ทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม